传统的空调系统，尤其是空调箱内部是细菌繁殖的良好温床，但是只要破坏或消除细菌滋生的条件，抑制或降低室内细菌发生，切断空调系统所有潜在的污染传播途径，就可以消除一切滋生菌的可能性。这与传统观念不同：解决微生物污染不是杀菌或除菌的方法问题，而是不让它产生。

因此，应该将无菌空间看作一个控制体，对整个工艺操作，包括对环境、设施、物料与人员进行全过程控制，而不仅仅是对操作本身。在全过程消除一切可能产生微生物污染的隐患，才符合微生物控制的原理，才能为无菌环境控制提供更为有效的保障。全过程控制应包括进入控制体前控制、进入控制体后控制、退出控制体后的控制。

进入前控制，即在进入控制体前应对人员、器械和材料等所有人与物进行严格消毒，并采用生物洁净技术对空气进行有效的过滤除菌，以保证进入控制体的空气无菌、无尘。由于无菌空间存在着许多发菌源，空间外的污染空间会随时随地渗透进来。要保持空间的无菌状态，进入后控制的重点应是对空间的污染以及人与人、人与物、物与物的交叉污染。

对此，可通过采取生物洁净技术综合措施，如合理建筑布局、规划人流物流、消除发菌源的二次污染，降低交叉污染的隐患;设置气闸或缓冲、整个区域的梯度压差的控制，彻底阻止室外污染进入的可能;依靠室内气流技术，用大量低速空气以所需要的流型(乱流或单向流)，稀释(或挤排)室内的所有发菌等，有效地维持无菌空间。退出后控制同样重要，如加强清场、清洁与处理等管理。只有及时将所有废物、污物等清出，并进行妥善处理，才有可能维持无菌空间及保护环境。